• 概要
• データベースについて
  • データベース内容例
  • 溶出位置について
  • コード番号について
• 溶出座標データベース (ECD)
• “３−Ｄ糖鎖”マップの作り方
• “グルコース単位”の使い方
• 参考文献のリスト

概要

　　私たちはＮ−結合糖鎖の構造分析法として、ピリジルアミノ（PA）化した中性糖鎖及びシアリル糖鎖を３次元のマッピング手法を用いて分析する方法を開発しました。この分析法は３種類のＨＰＬＣカラムでの PA化糖鎖の溶出位置から糖鎖構造を解析できる大変優れたＮ−結合糖鎖の分析法でピコモル(pmol)レベルのPA化糖鎖での分析ができます。

　　ここに“２次元あるいは３次元の糖鎖マッピング法”を使うに当たって必要な、各種のPA化糖鎖のこれらHPLCカラムでの溶出位置データを含む最新のデータベースを公開します。このデータベースにはそれぞれのＮ−結合糖鎖の構造、コード名、 Shimpack CLC-ODS及びAmide-80カラムでの溶出位置、糖鎖の起源、参考文献が含まれます。尚、含まれるデータはすべて私たちの研究グループによって得られたものです。

データベース内容例

このデータベースに収載しているデータの一例を示します。

溶出位置：

このデータベースに記載したＰＡ糖鎖の溶出位置の値は、ＰＡ化した標準イソマルトオリゴ糖（重合度３〜２５）の溶出位置を基準として求めたグルコース単位で表わしています。（参考文献、 Tomiya, N. et al.,(1988) Anal. Biochem., 171, 73-90.）

コード番号：

個々のＰＡ−糖鎖に対して付けたコード番号の意味は下の図を参照して下さい。ハイフン（−）より右の数字は中性糖部分についての番号です。尚、コード番号の最後に星印 (*)が付いているのはNMR分析を行ったものです。

溶出座標データベース (ECD)

(1)中性の複合型ＰＡ−糖鎖

     1)コア及び１本鎖のＮ−結合糖鎖

     2)２本鎖のＮ−結合糖鎖

     3)３本鎖のＮ−結合糖鎖

     4)４本鎖及び５本鎖のＮ−結合糖鎖

     5)GalNAcを含むＮ−結合糖鎖



(2)シアリルの複合型ＰＡ−糖鎖でNeu5Acを持つもの

    (A)モノシアリルのＮ−結合糖鎖

        1)１本鎖のＮ−結合糖鎖

        2)２本鎖のＮ−結合糖鎖

        3)３本鎖のＮ−結合糖鎖

        4)４本鎖のＮ−結合糖鎖

    (B)ジシアリルのＮ−結合糖鎖

        1)２本鎖のＮ−結合糖鎖

        2)３本鎖のＮ−結合糖鎖

        3)４本鎖のＮ−結合糖鎖

    (C)トリシアリルのＮ−結合糖鎖

        1)３本鎖のＮ−結合糖鎖

        2)４本鎖のＮ−結合糖鎖

    (D)テトラシアリルのＮ−結合糖鎖

        1)３本鎖のＮ−結合糖鎖

        2)４本鎖のＮ−結合糖鎖



(3)シアリルの複合型ＰＡ−糖鎖でNeu5Gcを持つもの



(4)ハイマンノース型ＰＡ−糖鎖



(5)ハイブリッド型ＰＡ−糖鎖



(6)植物及び昆虫由来のＰＡ−糖鎖

データベースファイルの提供

下記のファイルにデータを収めたものを提供します。ご希望の方は下記のいずれかのファイルをダウンロードしてご利用下さい。

３次元糖鎖マップの作り方

1. ピリジルアミノ（ＰＡ）化した糖鎖混合液を、まずＤＥＡＥカラム（第１のカラム）を用いてシアル酸含量に従って中性糖、モノ−、ジ−、トリ−シアリルオリゴ糖などに分画し、各分画をそれぞれ乾固する。
2. ＯＤＳカラム（逆相型、第２のカラム）とアミドカラム（アミド吸着型、第３のカラム）を、ＰＡ化イソマルトオリゴ糖混合物（標準グルコースオリゴマー）で前もって校正しておく。４、５、６等の数字はグルコースの重合度を示す。
3. 第１のカラムで分画されたサンプルＰＡ−オリゴ糖の１つの分画（例えば中性糖分画）を校正したＯＤＳカラム（第２のカラム）によって分離し、各ピークの溶出時間をグルコースユニットに換算して２次元（２−Ｄ）マップのＸ軸の値とする。
4. ＯＤＳカラムで分離した各ピークのＰＡ−オリゴ糖をそれぞれアミドカラム（第３のカラム）で分離し、各ピークの溶出時間をグルコースユニットに換算して２−ＤマップのＹ軸の値とする。
5. 上記３および４で得られたサンプルオリゴ糖のグルコースユニットを一組の座標として２−Ｄマップ上にプロットする。
6. 上記３および４の操作を、１で分離した全ての画分の糖鎖について行いそれぞれのグルコースユニットを記録する。

“グルコースユニット”の使い方

　（データベースの活用法）

1. まず得られたサンプルＰＡ−オリゴ糖の座標値から±５％の範囲にある標準オリゴ糖をコンピューターにより検索して、２〜３の候補の化合物を選び出す。
2. サンプルＰＡ−オリゴ糖と、選ばれた候補の標準オリゴ糖の一つとを、ＯＤＳ及びアミドのＨＰＬＣカラムによって共打ち試験を行う。両者が完全に一つのシンメトリー名ピークにならない時はサンプルと標準品は同じ構造ではない。
3. サンプルと標準品が共打ちで完全に一致しなかった時はもちろん、一致したときでも念のためにさらにエキソグリコシダーゼ消化によってサンプルの糖鎖を変化させ、その都度適当な標準品と共打ちを行い比較する。最終的に糖鎖がトリマンノシルコアになるまでこの操作を行う。

参考文献リスト