バイオデータベース利用法
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―検索からバイオインフォマティクスへ―
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第1章 文 献 文献・検索サイトの
使い方とデータベース化
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(1)基本はPubMed (松原 輝彦,佐藤 智典)
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1-1.PubMed Web Pageへのアクセス方法
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1-2.PubMed Web Pageでの検索の方法
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1-3.Web of ScienceおよびSciFinderによる引用文献検索
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1-4.EndNoteを用いた文献情報データベースの構築方法
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1-5.EndNoteを活用した論文の参考文献リストの作成
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第2章 遺伝子 遺伝子配列・ヒトゲノム・モデル生物・転写因子
データベース
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(1)DDBJのホームページを用いた配列解析
(北野 誉,斎藤 成也)
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1-1.DDBJのHome Pageへのアクセス方法
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1-2.getentry:アクセッション番号などによる検索
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1-3.相同性検索(FASTA/BLAST/S&W
SEARCHなど)による相同遺伝子の検索
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1-4.CLUSTALWを用いた多重整列の作成
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1-5.系統樹の表示
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1-6.おわりに
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(2)HAL
(Human genome Annotation Library)の使い方 (伊藤 武彦,谷口 丈晃,矢田 哲士)
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2-1.HALプロジェクトとは
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2-2.HALデータベースの使い方
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2-3.おわりに
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(3)ショウジョウバエのゲノムデータベース(FlyBase)を検索する (近藤 るみ)
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3-1.FlyBaseとは
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3-2.FlyBaseで何が調べられるか:Site
Mapをみる
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3-3.ホームページの検索ツール
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3-4.キーワードから検索する
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3-5.FlyBase Reportを見る
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3-6.配列情報から検索する(BLAST)
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3-7.遺伝子の機能から検索する
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3-8.発現パターンから検索する
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3-9.文献を検索する
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3-10.さらに知りたい方のために
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(4)転写因子データベース(TRANSFAC
Public版を中心に) (宮本 泰則)
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4-1.序 論
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4-2.主なデーターベース
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4-3.TRANSFAC Public版の構造および使用方法について
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(5)DBGET/LinkDB:
分子生物学者のための統合データベース検索システム (五斗 進)
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5-1.DBGET/LinkDBへのアクセス方法
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5-2.キーワードによるエントリーの検索
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5-3.アクセッションによるエントリーの取得
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5-4.D. LinkDB による関連エントリーの取得
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5-5.その他のDBGETシステム利用法
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第3章 タンパク質 配列から立体構造の解析と
予測,および機能情報検索
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(1)Swiss-Prot
―スイスアルプスを水源とするタンパク質情報の豊かな流れ (本間 桂一,深海 薫)
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1-1.まさにスイス生まれと言うべきデータベース
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1-2.Swiss-Protを山の上から展望する
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1-3.データベースの宝の山に分け入る
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1-4.Swiss-Protから取水するデータベース群
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1-5.ますます豊かになる流れ
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(2)PDB
(タンパク質立体構造座標データベース) (金城 玲)
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2-1.PDBとは?
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2-2.PDBの基礎知識
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2-3.PDBのより実際的な使い方
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2-4.関連したデータベース
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2-5.PDBを利用する際の注意点
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(3)GTOP
(Genomes TO Protein structures and function)
―ゲノム規模タンパク質立体構造予測データベース (福地佐斗志) |
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3-1.GTOPとは?
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3-2.立体構造予測法
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3-3.サイ・ブラストの原理
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3-4.GTOPの解析内容
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3-5.GTOPの使い方
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3-6.マスターファイル
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3-7.その他情報
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3-8.立体構造表示ツール
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3-9.おわりに
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(4)3DinSight:生体分子情報の統合型データベースおよび検索・可視化ツール (皿井 明倫)
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4-1.はじめに
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4-2.データベースの内容
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4-3.3DinSightの利用法(http://gibk26.bse.kyutech.ac.jp/jouhou/3dinsight/3DinSight.html)
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4-4.むすび
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第4章 複合糖質 糖鎖構造の解析支援・
検索,代謝マップ,糖脂質検索ほか
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(1)糖鎖構造解析を支援するためのウェブアプリケーション“GALAXY” (加藤
晃一,高橋 禮子)
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1-1.糖鎖マップとは
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1-2.GALAXYのユーザーマニュアル
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(2)KEGG/GLYCAN (河野 信)
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2-1.糖鎖データベースの必要性
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2-2.糖鎖構造データベース「KEGG/GLYCAN」
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2-3.糖鎖構造のデータ表現
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2-4.糖鎖データベースの応用
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(3)KEGG/PATHWAYとKEGG/COMPOUND (服部 正泰)
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3-1.KEGG/PATHWAYについて
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3-2.KEGG/PATHWAYにアクセスする
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3-3.パスウェイマップを検索する
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3-4.各生物種のゲノム情報をパスウェイ上にマッピングする
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3-5.COMPOUNDの紹介
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3-6.類似構造をCOMPOUND内で検索する
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3-7.結びとして
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(4)生理活性脂質データベース(LIPIDBANK
for Web)で糖脂質を検索する (渡邊 清博,八杉 悦子)
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4-1.データベースの概要
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4-2.糖脂質の検索
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4-3.終わりに
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(5)海外の炭水化物関連データベース (石塚 稲夫)
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5-1.はじめに―糖鎖に特有な問題点
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5-2.CarbBank/CCSD
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5-3.Glycomics Database
(http://web.mit.edu/glycomics/coreB/databases.shtml)
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5-4.Glycosuite (http://www.dkfz-heidelberg.de/spec/sweetdb/)
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5-5.Glycoscience
Databases
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5-6.CAZy Carbohydrate-Active
enZYmes (http://afmb.cnrs-mrs.fr/CAZY/)
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5-7.3D-Lectin Database
(http://webenligne.cermav.cnrs.fr/lectines/)
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第5章 特 許 重要性を増す知的財産権を
めぐる情報
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(1)インターネットで出来る特許検索 (藤本 浩,Richard
Walton)
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1-1.はじめに
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1-2.特許制度
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1-3.特許検索
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1-4.公報原文の入手
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1-5.有料データベース
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1-6.おわりに
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第6章 展 望 検索からバイオインフォマ
ティクスへ
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(1)データベース構築とバイオインフォマティクス (金久 實)
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1-1.はじめに
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1-2.還元論と統合論
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1-3.遺伝情報と化学情報
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1-4.基本分子と配線図
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1-5.細胞の再構築
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1-6.ゲノムとケミストリーの融合
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1-7.おわりに
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