バイオデータベース利用法
―検索からバイオインフォマティクスへ―



第1章 文 献  文献・検索サイトの 使い方とデータベース化
(1)基本はPubMed (松原 輝彦,佐藤 智典)
1-1.PubMed Web Pageへのアクセス方法
1-2.PubMed Web Pageでの検索の方法
1-3.Web of ScienceおよびSciFinderによる引用文献検索
1-4.EndNoteを用いた文献情報データベースの構築方法
1-5.EndNoteを活用した論文の参考文献リストの作成
     
第2章 遺伝子  遺伝子配列・ヒトゲノム・モデル生物・転写因子 データベース
(1)DDBJのホームページを用いた配列解析  (北野  誉,斎藤 成也)
1-1.DDBJのHome Pageへのアクセス方法
1-2.getentry:アクセッション番号などによる検索
1-3.相同性検索(FASTA/BLAST/S&W SEARCHなど)による相同遺伝子の検索
1-4.CLUSTALWを用いた多重整列の作成
1-5.系統樹の表示
1-6.おわりに
(2)HAL (Human genome Annotation Library)の使い方 (伊藤 武彦,谷口 丈晃,矢田 哲士)
2-1.HALプロジェクトとは
2-2.HALデータベースの使い方
2-3.おわりに
(3)ショウジョウバエのゲノムデータベース(FlyBase)を検索する (近藤 るみ)
3-1.FlyBaseとは
3-2.FlyBaseで何が調べられるか:Site Mapをみる
3-3.ホームページの検索ツール
3-4.キーワードから検索する
3-5.FlyBase Reportを見る
3-6.配列情報から検索する(BLAST)
3-7.遺伝子の機能から検索する
3-8.発現パターンから検索する
3-9.文献を検索する
3-10.さらに知りたい方のために
(4)転写因子データベース(TRANSFAC Public版を中心に) (宮本 泰則)
4-1.序 論
4-2.主なデーターベース
4-3.TRANSFAC Public版の構造および使用方法について
(5)DBGET/LinkDB: 分子生物学者のための統合データベース検索システム (五斗  進)
5-1.DBGET/LinkDBへのアクセス方法
5-2.キーワードによるエントリーの検索
5-3.アクセッションによるエントリーの取得
5-4.D. LinkDB による関連エントリーの取得
5-5.その他のDBGETシステム利用法
     
第3章 タンパク質  配列から立体構造の解析と 予測,および機能情報検索
(1)Swiss-Prot ―スイスアルプスを水源とするタンパク質情報の豊かな流れ (本間 桂一,深海  薫)
1-1.まさにスイス生まれと言うべきデータベース
1-2.Swiss-Protを山の上から展望する
1-3.データベースの宝の山に分け入る
1-4.Swiss-Protから取水するデータベース群
1-5.ますます豊かになる流れ
(2)PDB (タンパク質立体構造座標データベース) (金城  玲)
2-1.PDBとは?
2-2.PDBの基礎知識
2-3.PDBのより実際的な使い方
2-4.関連したデータベース
2-5.PDBを利用する際の注意点
(3)GTOP (Genomes TO Protein structures and function)
    ―ゲノム規模タンパク質立体構造予測データベース
 (福地佐斗志)
3-1.GTOPとは?
3-2.立体構造予測法
3-3.サイ・ブラストの原理
3-4.GTOPの解析内容
3-5.GTOPの使い方
3-6.マスターファイル
3-7.その他情報
3-8.立体構造表示ツール
3-9.おわりに
(4)3DinSight:生体分子情報の統合型データベースおよび検索・可視化ツール (皿井 明倫)
4-1.はじめに
4-2.データベースの内容
4-3.3DinSightの利用法(http://gibk26.bse.kyutech.ac.jp/jouhou/3dinsight/3DinSight.html)
4-4.むすび
     
第4章 複合糖質  糖鎖構造の解析支援・ 検索,代謝マップ,糖脂質検索ほか
(1)糖鎖構造解析を支援するためのウェブアプリケーション“GALAXY” (加藤 晃一,高橋 禮子)
1-1.糖鎖マップとは
1-2.GALAXYのユーザーマニュアル
(2)KEGG/GLYCAN (河野  信)
2-1.糖鎖データベースの必要性
2-2.糖鎖構造データベース「KEGG/GLYCAN」
2-3.糖鎖構造のデータ表現
2-4.糖鎖データベースの応用
(3)KEGG/PATHWAYとKEGG/COMPOUND (服部 正泰)
3-1.KEGG/PATHWAYについて
3-2.KEGG/PATHWAYにアクセスする
3-3.パスウェイマップを検索する
3-4.各生物種のゲノム情報をパスウェイ上にマッピングする
3-5.COMPOUNDの紹介
3-6.類似構造をCOMPOUND内で検索する
3-7.結びとして
(4)生理活性脂質データベース(LIPIDBANK for Web)で糖脂質を検索する (渡邊 清博,八杉 悦子)
4-1.データベースの概要
4-2.糖脂質の検索
4-3.終わりに
(5)海外の炭水化物関連データベース (石塚 稲夫)
5-1.はじめに―糖鎖に特有な問題点
5-2.CarbBank/CCSD
5-3.Glycomics Database (http://web.mit.edu/glycomics/coreB/databases.shtml)
5-4.Glycosuite (http://www.dkfz-heidelberg.de/spec/sweetdb/)
5-5.Glycoscience Databases
5-6.CAZy Carbohydrate-Active enZYmes (http://afmb.cnrs-mrs.fr/CAZY/)
5-7.3D-Lectin Database (http://webenligne.cermav.cnrs.fr/lectines/)
     
第5章 特 許  重要性を増す知的財産権を めぐる情報
(1)インターネットで出来る特許検索 (藤本  浩,Richard Walton)
1-1.はじめに
1-2.特許制度
1-3.特許検索
1-4.公報原文の入手
1-5.有料データベース
1-6.おわりに
     
第6章 展 望  検索からバイオインフォマ ティクスへ
(1)データベース構築とバイオインフォマティクス (金久  實)
1-1.はじめに
1-2.還元論と統合論
1-3.遺伝情報と化学情報
1-4.基本分子と配線図
1-5.細胞の再構築
1-6.ゲノムとケミストリーの融合
1-7.おわりに